文艺复兴时代初期曾是传统作家影响植物学研究的时期。但是在今天，源于十六世纪印刷术的发明和贡献，大量的植物图解和大型的植物得以出现，植物学研究界进入了一个全新的时期。
植物园也就是在这样的环境下诞生了，而且帕多瓦大学植物园自建成起 就一直位于其原址。
于公元1545年建造在Santa Giusitina本笃会修道院原址上的建筑属于威尼托共和国的植物学院，用于培植可入药的"简单"类自然植物；而在今天，植物园已成为一处非常活跃的收集和多种科目集合的地点。
艺术和建筑学也对实物造成了深渊的影响，创建了全新的植物学规范并主持了植物种植的选择过程。
人类学家和传统建筑学资深学者Daniele Barbaro除了是建筑大师Andrea Palladio的导师，还负责了帕多瓦植物园的绿色小宇宙构思。在今天仍保持原貌的植物园如同小花园一般，被高高的墙体所包围，已成为一处研究和教学的地点，受到帕多瓦大学praefecti部门的管理。