Il bellissimo e drammatico Cristo ligneo conservato nella chiesa di San Domenico di Chioggia arrivò in città in modo miracoloso: la leggenda più diffusa narra come il discepolo occulto di Gesù, Nicodemo, dopo aver fissato il Maestro appeso alla croce, decise di rappresentarne l'immagine nel legno. Sentendosi però mancare le forze al momento di scolpire i tratti sofferenti del volto, invocò l'aiuto celeste e si assopì.

Al suo risveglio, le divine sembianze erano perfette, effigiate prodigiosamente dagli angeli. Tale versione trova conferma anche in un'incisione su rame ai piedi del crocifisso: essa tramanda come il simulacro fu trasferito dalla Terrasanta a Iesi, nelle Marche, dalla confraternita del Santo Sepolcro. Qui si animò davanti a San Pietro Martire, santo domenicano, col quale si degnò di conversare. Per esortazione del santo fu trasportato per mare verso Venezia, ma una tempesta fece naufragare l'imbarcazione. E così il Crocifisso approdò presso il porto di Chioggia, a poche decine di metri dal luogo in cui fu poi eretta la chiesa, e fu trovato dai padri domenicani.
Un'altra leggenda proviene direttamente da un manoscritto del canonico Antonio Boscolo. Essa narra come il Cristo, in epoca imprecisabile, fu trovato in vicinanza delle palafitte del Ponte di San Domenico. Fu portato solennemente in cattedrale, dove i clodiensi pensavano di custodirlo per sempre; ma durante la notte il crocifisso si trasferì miracolosamente sul luogo nel quale era stato trovato.